выплатила з/плату и только сейчас увидала ,что переплатила почти всем,причем суммы начиная от 200-2000 тыс,все деньги перечислены на карточки. я не знаю что теперь делать

Попросить всех вернуть в кассу ошибочно перечисленные суммы.

Если не вернут, пригрозите, что заблокируете карточки

доплатите налоги и сборы на з/пл и если не критично, то можете не возвращать деньги с карточек, а учесть во взаиморасчетах с сотрудниками.