Хотим закрыть СПД но потеряли свидетельство о едином налоге. Это может быть проблемой при закрытии?

Все залежить від інспектора. Вони відповідають
за бланки.

Вам придется писать заявление в ГНИ, давать объявление в газету, получать новое св-во единого налога и тут же его аннулировать в связи с закрытием СПД. Обратитесь с инспектору в налоговой по месту регистрации.