Предприятие А (эмитент) рассчиталось с предприятием Б векселем номиналом 1000грн. Предприятие Б продало вексель предприятию С за 1300грн. Сейчас предприятие А хочет выкупить вексель. Вопрос: по какой стоимости?(у предприятия С вексель висит на балансе по 1300грн, а у предприятия А - по 1000грн.)

ну, по векселю у предприятия А обязательства на 1000 грн. вот эти деньги оно и платит по сроку, указанному в векселе.

======================================================================
Все вышеуказанное строго мое ИМХО!

т.е. у предприятия "С" в налоговом учете будут убытки 300грн?

Ну да. Если купили по 1300, а продали по 1000 - что еще может быть? Только убытки по ЦБ - не чета убыткам от реализации товара.

т.е. налоговая придираться к таким убыткам не будет?

Будет - к гадалке не ходи :-)
Это как купить двухсотгривневую купюру за 300 грн. и интересоваться: не подозрительно ли?
хотя ничего незаконного нет

Но эмитент же не должен погасить вексель в сумме больше номинала?

нет, конечно