Подскажите, пожалуйста,
через сколько могу списать неподтвержденный налоговый кредит, через 3 года или акт сверки тоже может являтся основанием для списания?

Непонятно, что Вы имели в виду под неподтвержденным кредитом (причина).
Учитывая отношение на большинстве фирм к бухучету, списывать его можно когда угодно. Также: ошибки отражаются по мере выявления, а неподтвержденный кредит обычно можно расценить как ошибку (значит здесь не было основания для НК).

Да вот ошибка как раз не у нас, а у контрагента была. История длинная. Продали здание в средине декабря, по нему разорвали договор с Киевводоканалом, вторую половину декабря этим зданием пользовались покупатели, но Киевводоканал предоставил нам акт за декабрь на всю сумму (наша задолженность и задолженность покупателей, все досталось нам, по этому акту и дали нам налоговую накладную), позвонила им, они сообщили, мол мы знаем что это не ваш долг, но ваш покупатель еще не заключил с нами договор, мы же не можем его задолженность в никуда повесить, потому будет висеть на вас. Потом акт они переделали, подписали, указали только нашу задолженность, но налоговую накладную не переделали, оставили в большей сумме. Я ее провела только в той части в которой у нас был подписан акт (оснований для проведения остального НК у меня небыло). В след. месяце заплатила им аванс, они мне налоговую не дали, опять им звонила. Бухгалтер меня вообще убила, называет мне нашу задолженность в сумме первого акта (нашу и наших покупателей), я ей говорю, что уже, ведь, акт переподписан с обеих сторон, на что она ответила, что ее это не волнует, у нее в программе именно такая наша задолженность и никакого аванса у нас нет и соответственно налоговой мне никто выдавать не будет. И так на протяжении 8 месяцев у меня числилась переплата, а у них недоплата, вот у меня и болтался неподтвержденный налоговый кредит. А теперь они мне присласи акт сверки в котором убрали нашу задолженность (видать наши покупатили заключили с ними договор), и по нашим расчетам у нас взаимоотношения закрылись в ноль, вот только они наш налоговый кредит нам зачли с той налоговой, которую я провела не на всю сумму, а на сумму своего РЕАЛЬНОГО, на тот момент, налогового кредита. Вот и получается что все делала правильно, а теперь попала в НК, потому новую накладную мне никто не выпишет, а проводить часть старой от декабря 2010 года (учитывая, что она пришла вовремя, но не в той сумме!!!) не уверенна что стоит, чтобы не провоцировать проверку, тем более что сумма НК всего 125 грн.

Неподтвержденный НК списывается на расходы за счет прибыли. И списать за счет прибыли Вы можете что угодно и когда угодно.