В 1С проводите "списанием товаров", а не "реализацией товаров и услуг" при чем на не хоз. нужды с корректировкой налогового назначения и подтверждением корректировок использования и последующим начислением НДС на условную продажу, если, конечно, эти материалы покупались для хоз. нужд. По крайней мере у меня в 1С 8.2 УПП так.
А бумажный документ должна быть расходная накладная или акт приемки передачи со всеми подписями и печатями.