Подскажите, если у работника командировка с 28.08. по 13.09., то для начисления з.п. за время командировки мы должны взять отдельно среднюю для августа (т.е. два предыдущих месяца июль и июнь) и отдельно за дни командировки, попадающие на сентябрь (з.п. за августа и июль) - Правильно?

Если бы были две командировки, первая по 31.08 а вторая с 01.09, тогда считали бы средний для каждой командировки отдельно. В Вашем случае - одинаковый расчет для всего периода - 06+07 месяцы.

======================================================================
Все вышеуказанное строго мое ИМХО!

Спасибо