У меня НН на НО - отдельно, на НК - отдельно, плюс помесячно подшиваю туда соответствующие части реестра. Сами реестры с квитанциями подшиваю отдельно.
Приходные и расходные накладные у меня по счетам - 209, 207, 28, 10, 112, 22 и т.д. Помесячно распечатываю в эти папки и соотв.оборотки из 1с.
Банк - отдельно, касса, естественно - тоже.
Акты вып.работ - отдельно наши (покупателям), отдельно "входящие".
Так вела везде, где работала. Мне так удобнее всего.