Как правильно исправить? Может в зп за февраль выдать на 0,01 грн меньше, и тогда все исправится???Или корректировать декабрь - если корректировать удержания , то и ведомости переделывать надо....

может просто ручной проводкой списать на расходы?

Виплатити менше на 0,01. Проводки уточнити:
Д661(період 12,2012р. К301 +0,01
Д661(період 02,2013р.якщо виплата за лютий ) К301 -0,01

На сколько я знаю , то такие операции на расходы ни в коем случае не списываются., даже 1 копейка.

Согласно КЗоТ любые удержания из зарплаты работника должны производиться только по приказу директора (как это ни смешно в данном случае).
ИМХО, в данном случае надо сделать приказ, ознакомить под роспись работника и удержать по ведомости эти 0,01 грн. Таким образом, на 01.03 у вас уже будет правильный остаток.

Це не утримання а зарахування авансу.

пусть внесет в кассу 0,01грн на 661 счет

Просто недоплатите этому сотруднику эту 1 копейку - и всех делов.
Вы еще сборы засновников соберите, протоколов наваяйте, чтобы исправить супер-ситуацию...