Добрый день! Подскажите пожалуйста как правильно написать письмо о взаимозачете денег с одного счета на другой!

Смотря, какой у Вас случай:
1. Просим зачесть предоплату по с/ф № от __, перечисленную согласно платеж.поручения №_ от _ в сумме __ в счет долга по полученным товарам согласно с/ф № от __.
2. Просим зачесть предоплату по с/ф № от _ в счет аванса по с/ф № от __.

Выбирайте...

вот как раз сейчас занимаюсь переброской в пенсионный и в налоговой. в обеих инстанциях вместе с письмом о переброске требуют подтвердить переплату платежным поручением

если внутри одной фирмы, то можно еще написать, что просим назначение такого-то платежа на такую-то сумму, читать так-то.....(этот вариант еще подходит, если в назначении платежа написали с НДС, а нужно было Без НДС или наоборот).