По договору мы продаем разрешение (лицензию)на использование по (так прописали в договоре).
Подскажите, я реализацию этой лицензии должна провести на основании доверенности?

Я думаю на основании акта приемки-передачи. Укажите что лицензия передана и стороны претензий друг к другу не имееют. Печати и подписи.