В податковой считают
среднемесячную зарплату по предприятию.
Вот посчитайте и Вы у себя эту среднемесячную зарплату за тот месяц, когда сотрудник в отпуске за свой счет.
Если цифра получится больше минимальной зарплаты - сидите спокойно, ну, разве что при проверке объясните, что чел не работал пол-месяца, покажете его заявление.
А вот если цифра получится меньше минимальной зарплаты - то после подачи Вами 1-ДФ податковая будет звонить и морочить голову...