Может кто подскажет, как произвести изменение цены оплаченной но не отгруженной продукции?
Я думаю сделать либо протокол согласования цены либо акт согласования цены, что будет правильнее.
И после уже составить РК к налоговой.

любой документ, по смыслу которого будет видно согласие двух сторон. Это может быть и приложение к договору тоже.
Не забудьте сделать РК по НДС на оплаченную сумму

======================================================================
Все вышеуказанное строго мое ИМХО!

Я делаю тогда протокол согласования договорной цены и на основании его РК к налоговой накладной.
Ляля - Оля ,Спасибо за помощь.