если подумать , то деревья не строй материалы которые лежат себе мертвым грузом или дом который строится и еще не эксплуатируется.
Деревья высажены и уже стареют или гибнут. их обслуживают, там обрезают, подкармливают и пр.
и скорее всего их стоимость включается в стоимость кв. м. комплекса.
поэтому в части НДС вопрос отпадает, они для продажи куплены, то НК правомерен.
тут может быть амортизацию деревьев накапливать на 15 счете.
если амортизация включена в расходы по прибыли, то да сторнировать и уточненкой исправлять.