у тебя все смешалось
1. ничего сказать не могу, никогда не сталкивалась с выплатой больничного напрямую, при том, что она у тебя работает, скорее всего, фонд, который ей будет платить захочет этот больничный. Собственно, тебе оригинал и не нужен, ты же ничего ей платить не будешь, скорее всего, она пишет заявление на декретный отпуск, с указанием всех причин и копией больничноо, ты отправляешь ее в отпуск, но ничего не платишь
2. по окончанию декретного больничного она пишет заявление на отпуск по уходу за ребенком до 3 лет, больше никаких бумажек нет
3. очередной отпуск так и висит, она может взять его когда захочет, если не возьмет и потом уволится, выплатишь ей компенсацию за неиспользованный отпуск
4. думаю, что зп надо выплатить в последний день работы, если нет, то возьми с нее заяву, прошу выплатить деньги 07.07.16, хоть что-то
5. Если ничего не платишь, то ничего и не делаешь
6. Налоги при выплате денег, нет начсления и выплаты, нет налогов
В критической ситуации вы не подниметесь до уровня своих ожиданий, а упадете до уровня своей подготовки (с)