Не надо ничего вычитать. НН выписывается на каждую отдельную поставку. Если есть счёт и расходная на А, то выписывается НН, и по ней будет висеть кредиторка, пока не оплатите или пока не сделаете взаимозачёт с чем-то.
Дальше по товару Б тоже есть счёт и расходная и Вами он оплачен. Эта операция закрыта.
В последующем, если они выставят новый счёт, то по нему будут свои расчёты, а задолженность за товар А всё так же будет висеть, пока Вы её не оплатите.
Или в чём вопрос?