Я раньше начисляла и платила поквартально, но поскольку участились разговоры, что налоговики придираются и настаивают, что НДФЛ (а теперь и ВС) должен платиться помесячно, стала делать акты ежемесячно и налоги платить соответственно. Арендную плату при этом выплачиваем, как получается (по договору - ежеквартально, но бывает денег нет и задерживаем).
В Вашем случае я бы прошедшие периоды закрыла одним актом (за январь-июль, например), а в дальнейшем перешла бы на ежемесячное начисление и уплату налогов. И в договоре, соответственно, этот вопрос подкорректировать. Если возможно.