Контрагент,неплатник ПДВ,має різні з нами договори,але на одну й ту послугу.Проблема в тому,що по одному договору недостачі,по іншому переплата.Як я має виписати пн в розрізі договорів чи можна зарахувати суми як погашення боргів?

ну так если это разные договора, как это может быть одна и та же послуга? в разных договорах разный предмет, и разные сроки оплаты. то, что один вид услуг - ни на что не влияет

ок,зрозуміла,дякую

Можете договориться с покупателем о зачете сумм. Или, например, пусть покупатель напишет письмо об ошибочном назначении платежа на какую-то сумму, перебросите ее на другой договор.