впервые столкнулась -
с покупателем один договор и на него две спецификации - оплатил предоплату одной суммой по 50% на каждую спецификацию.
я выписала две налоговые накладные по 50% на каждую спецификацию, т.к. в 1 с учет идет отдельно по спецификациям...
теперь покупатель ссылается на

ИНДИВИДУАЛЬНАЯ НАЛОГОВАЯ КОНСУЛЬТАЦИЯ от 12.07.2019 г. N 3241/6/99-99-15-03-02-15/ІПК
где сказано что надо выписывать одной налоговой накладной, где прописывать номенклатуру из обоих спецификаций...

они правы? или есть возможность все таки доказать что можно двумя?

Ну так и выпишите одной суммой , но в разрезе номенклатуры по счетам. Я считаю Ваш контрагент прав.
Это конечно сами себе проблемы создаем. Но зашла одна сумма и для идентификации операции должна быть одна налоговая на эту сумму.