В деке исправить, чтоб соответствовало додатку 5. Кстати, не факт, что получится. Возможно программа будет ругаться.
У меня была подобная ситуация, только по НК. Итого НН в реестре было на ...,49, но в связи с тем, что программа в додатке 5 сворачивает базу по контрагентам и умножает ее на 20%, вышло ....,50, которые округлялись до большего. Игралась по-разному, ничего не выходило. В итоге уменьшила базу по контрагенту на несколько копеек, чтоб итог на 49 копеек вышел.