самое первое- посмотреть, упала ли уплаченная сумма в СЕО, Вы же НДС (и пошлину) на таможне не от Пупкина платили? а от компании?
не сталкивалась, но думаю, как обычная ГТД- заплатили на таможню, растаможились, увидели в СЕО..
если вдруг через СЕО не прошло, да, тогда я бы провела как другой документ- лимит бы не увеличился, но в декларации НК показала б,
позвоните еще в 0800501007 по направлению НДС- они иногда толково разъясняют, спросите про квитанцию.