Подскажите пожалуйста, куда сдавать отчеты и как оплачивать налоги, если офис с наемными работниками в одном городе, а место регистрации и директор сидит в другом городе? Буду благодарна за любую информацию.

по ндфл могу подсказать :по директору - налог и 1-дф по месту регистрации + порция 2 по офису в другом городе, по наемным - налоги и ндфл по месту нахождения офиса + копия 2 порции 1дф , если 20- опп будете подавать нужно поставить отметку что б взяли в той налоговой на учет, вз и есв по месту регистрации фирмы, по остальным налогам не подскажу, у нас нет

Не если 20- опп будете подавать, а подать ее надо обязательно.
Кроме НДФЛ по месту платятся местные налоги, если есть.