Працівник з квітня по дату звільнення (13.07) не працював, неявки з нез'ясованих причин.
при розрахунку середньої, що робити з календарними днями квітня, травня, червня?залишати в розрахунку. таким чином середня занижена буде...

Я залишила. Розрахувала аналогічно прогулу. Заяви за власний рахунок немає, тому ці місяці не враховуються до стажу для нарахування відпустки і календарні дні залишаються у розрахунку середньої зарплати. Не знайшла консультацій з цього приводу. Тільки те, що не можна звільнити.

НЗ не виключаються
Час, протягом якого працівник згідно із законодавством не
працював і за ним не зберігався заробіток або зберігався частково,
виключається з розрахункового періоду.