Для меня самой такая ситуация не совсем ясна...
Начисляя в июне, Вы же не можете брать этот период - 07.2015-06.2016, т.к. нет еще полного начисления за июнь 2016. Или Вы берете оклад, т.к уверены, что никаких отклонений не будет?
ИМХО, все Вы сделали правильно. Если за июнь 2016 получится другая сумма в итоге, можно в июле сделать перерасчет и подкорректировать сумму отпускных.
В расчете ЕСВ покажете по факту выплаты - если в июне выплатили, то отразите в отчете за июнь, указав, что это отпускные за 07й месяц.