Я сталкивалась, но обнаружила вовремя и мы с поставщиком это исправили.
Думаю, РК можно и позже выписать и зарегистрировать. Нерпавильную НН и РК к ней в декларацию включать не надо.
В принципе за искаженный лимит штрафов нет, но по-хорошему ж надо его поставщику вернуть.