Поставщик выписал два счета:
счет №1
Лист 2,0 = 12500 грн.
доставка = 600 грн.
Итого = 13100 грн.

Счет №2
лист 1,0 = 7500 грн.

При поставке он оформил акт на доставку и одну ТТН на доставку лист 1.0 и лист 2.0
У себя я допрасходы отнесла на два счета пропорционально..
тогда как поставщик отнес доставку только к счету№1

Как правильно всё же делать в таких случаях?

Поставщик поставил товара по сч. №1 на сумму 13200 грн+доставка 600 грн. (по двум счетам), т.е. на сумму превышающую оплату .
Распределяю доставку пропорционально между счетами.. В результате получаю Кт сальдо по 631 счету 482,61 грн, в т.ч. НДС- 80,44

А поставщик выписывает мне по поставке налоговую накладную на сумму, превышающую оплату, а именно на 700 грн., в т.ч. НДС - 116,67 грн.

Какой выход есть из таких нестыковок?

Вы эти материалы дальше продаете или используете в собственной деятельности?
Суммы условные или реальные?
Как по мне, на данных объемах не так уж и важно, к какому из двух видов товара вы прицепите услуги по доставке, хотя, конечно, лучше пропорционально (независимо от того, что там наваял поставщик, если очевидно, что сумма транспортировки относится к обеим позициям)
По вашим цифрам не очень все понятно...