Здравствуйте
Сотрудник в мае с 11 числа не появлялся на работе (как оказалось зелёный змей унес в нирвану), слали ему письма, писали дисциплинарные акты. В июле выдали приказ на увольнение от 5числа, учитывая что последним рабочим днём было 11 мая. Все полагающиеся выплаты сделаны в июне.
Правильно ли думаю: в отчёте его нужно отобразить только в т.5 с датой приказа как датой об окончании трудовых отношений?

Все зависит от того, что вы ему начисляли
за май вы должны были начислить ему за 11 дней з/п, а остальные 20 дней указать без сохранения з/п
за июнь 30 дней без з/п
а за июль -ставите дата окончания труд. отношений 5е. если была какая-то компенсация начисляете и указываете ее начисление, но опять ставите 5 дней без з/п
а компенсацию с кодом 10

компенсация показ. как доход, код 10 - отпускные