За ноябрь сдана декларация по НДС с обязательством к уплате в стр.18. Но т.к. в середине декабря растомаживали товар, уплата была НДС на таможне, эту сумму мы не оплатили отдельно на НДС счёт. Теперь в эл.кабинете на эту сумму недоимка, хотя лимит большой за счёт уплаты НДС на таможне.
Подскажите, пожалуйста, нужно ли платить эту недоимку. Нет ли др. выхода?

Лимит и деньги на НДС-счете - это разные вещи, НДС к уплате по декларации оплачивается только деньгами.
Надо платить

А как они Вам растаможили без уплаты НДС? Там скорее всего недоимка по другим причинам. Возможно пересчитали овердрафт.

НДС на растаможку платится на на счет НДС, а напрямую на таможню

А, подождите, я поняла. Да, конечно надо платить. У Вас же обязательство по декларации за ноябрь, а растаможку Вы покажете в декларации за декабрь. За ноябрь нужно оплатить обязательства по декларации. Если на электронном счёте были какие-то деньги, то их можете взамозачесть. Лимит здесь роли не играет.

Если бы у них были какие-то деньги на эл счете, они бы автоматически списались до 30.12.18 в счет уплаты обязательства

Точно, да. Это же ноябрь. Поэтому и недоимка. Что-то я туплю.

Спасибо всем.