Добрый день. На предприятии в связи с производственными вопросами бил изменен график работы с 5-ти дневки на 3-х дневку с одновременным уменьшением рабочего времени с 8-и часового дня до 4-х . Тобиш приказом было решено временно (сроком на 3-и месяца) установить: рабочие дни Пн-Ср нерабочие Чт-Пт с 9:00 до 13:00.

Сотрудника по приказу отправили в командировку в другую область на 3-и дня (с четверга 15.08 по субботу 17.08 ). Есть билеты на поезд где указано время пребывания в пути (туда 8ч 45м обратно 9ч 17м). Выплачен аванс на командировку согласно положения утвержденного на предприятии.
По возвращении с командировки было сдано в бухгалтерию и билеты и удостоверение подтверждающее прибытие и отбитие.
Отдел кадров принес на утверждение табель за соответствующий месяц. Вот тут-то и все пошло на перекос. Дело в том что в табеле изначально вообще не было пометки о командировке за период с 15.08. по 17.08. Мол у нас не рабочие дни. После замечания о командировке кадры принесли новый табель где на дни командировки поставили отметку "4р". Что значит 4 рабочих часа. Опять 25. Им сказали что должна быть отметка "К". Тогда кадры заявили что "...бухгалтерия в виду работы программы не сможет закрыть данный день. Так как у нас это вообще не рабочие дни и у нас 4-х часовой день.."
Помогите кто прав и как правильно.

Закрываете согласно табелю, а табель согласно фактически отработанному времени.
Стаття 56. Неповний робочий час КЗпроП
Оплата праці в цих випадках провадиться пропорціонально відпрацьованому часу або залежно від виробітку.
Робота на умовах неповного робочого часу не тягне за собою будь-яких обмежень обсягу трудових прав працівників.

то есть оплачиваете пропорционально отработанному времени.
Не важно что установлен другой график работы. Если по производственной необходимости человек работал в нерабочий для остального предприятия день, то это должно быть затабелировано и оплачено.
Еще обратите внимание на ваши инструкции по командировкам. Обычно указывается, что работник в командировке работает по графику того предприятия куда командирован. Получается если он работал по 8 часов, то нужно табелировать 8.