Стикнулася з такою проблемою: Ми виписали рахунок на Тов, а за цим рахунком оплатила інша фірма. Як мені виписувати документи, та реєструвати ПДВ??

Що каже контрагент?

рахукнок не первинний документ. ПН на того хто заплатив.
Чому Ви вирішили що одна фірма заплатила за іншу через борги між ними?
А може в людини є 2-3 фірми, взяв рахунок на одну, а потім подумав що краще купити товар на іншу?
Що в призначенні платежу пише?