Подскажите, пожалуйста, получили сегодня Вытяг системы электронного администрирования НДС и увидели, что в стр.1, Сума податку, на яку платник податку має право зареєструвати податкові накладні, появился минус. Это связано с перерасчетом овердрафта. Какие наши действия? Это только повлияло на то, что мы не можем зарегистрировать налоговые, пока не выйдем в плюс или нужно пополнять СЕА, денег на пополнение пока нет?

Ну если нет денег на пополнение, значит остается ждать когда продавцы зарегистрируют вам НН.
Без вытяга в Элкабинете можно суму лимита смотреть во вкладке - СЕА ПДВ - Рееестр операций