Добрый день.

Физическое лицо планирует купить ООО у другого физлица, владеющего 100 % уставного капитала. Задолженостей по поставщикам и покупателям нет, по налогам долгов так же нет. По сути все "богатство" ООО - это недвижимость (т.е. здание).

Баланс предприятия: актив _ это здание в основных средствах и его амортизация, пассив - уставный фонд и убытки прошлых лет.
Покупка будет по цифре в пассиве - т.е. ниже уставного фонда , как отразить это на счету 40?

Если на цифрах:
устав 1000 грн. и на счету 40 один учредитель.
Продажа ООО на сумму 500 грн.
Как по проводкам сделать смену учредителя и какая цифра будет на счету 40 после проведения продажи?

Если вы бухгалтер того предприятия, которое продается, то у вас просто проводка на сумму УФ Дт 40 один учредитель Кт 40 другой учредитель.

За какую сумму они между собой договорились о продаже, в учете предприятия никак не отражается.

Проводку делаете ДТ 40 (старый учред) КТ 40 (новый учред)
Уставной капитал останется тем же, если нет решения об увеличении / уменьшении капитала.

Зміни по договору купівлі-продажу внести в статут (якщо там вказвні засновники) і в реєстрацію.