ФЛП 3 гр., не является плательщиком НДС
Предоставляет услуги по консультированию по работе со сторонними программами (т.е. не создаваемыми этим ФЛП), резервному копированию, обслуживанию чужих сайтов, их наполнению, администрированию
Являются ли такие услуги объектом обложения НДС?

эти услуги да, но т.к. Вы единщик 3 гр, неплательщик НДС (Ваша ж ставка единого 5%?), - при соблюдении критериев (объем до 7 млн/год, услуги в рамках Вашего КВЕДА) Вы не облагаете такие услуги НДС. В этом то и фишка единщика- не облагаем НДС все то, что юрики или физики-общесистемники должны облагать (добровольно до 1 млн, обязательно при достижении объема продаж 1 млн)