Вітаю, колеги!
Юридична особа на загальній системі з ПДВ, має у власності невеликий торговий центр, 11 приміщень.
4 приміщення продали фізособам, виставляємо їм рахунки на компенсацію комунальних та утримання ТЦ.
Їхні орендарі часто сплачують не від імені власника приміщення, а від свого, що постійно змушує вимагати писати пояснювальні наступного змісту: я сплатив за власника суму на підставі договору оренди приміщення.
Чи правильно я роблю в такому випадку чи лиш створюю собі додаткову роботу?

Як на мене, договір оренди не є такою підставою.
Тому у вас можуть бути проблеми при перевірці.