Хотим взять у сотрудника личный автомобиль а аренду, для использования в хоз. деятельности предприятия и при этом оформить автокомпенсацию, но на балансе предприятия числиться легковой автомобиль. Прочитала в нормах п.4 (Нормы средств на представительские цели, рекламу и выплату компенсации за использование личных легковых автомобилей для служебных поездок и порядка их расходования, утвержденные приказом МФУ от 12.11.93 г. № 88), что запрещается выплата компенсации на предприятиях, у которых на балансе находятся легковые автомобили.

Не читайте всякое старье.

А какой-то лимит по сумме аренде существует ? Можем ли мы в договоре с СПД указать сумму 5000,00 грн.?

В принципе, да.
В ВР вкл. в размере не более обычных цен (пп. 7.4.2 и 7.4.3 Закона о прибыли), несмотря на то, что от этой суммы вкл. в ВР 50 % арендной платы на основании пп. 5.4.10 Закона о прибыли