Вносите приказом изменения в штатное расписание, вводите должность "главный инженер" и сокращаете должность "инженер". В центр занятости ничего не подаете. Приказ по кадрам, что такой-то назначается на должность главного инженера.
По поводу студента. В трудовой книжке не указывается размер ставки на которую он работал, если его приняли на основную работу, то в течение 5 дней ему в трудовоую должны были сделать запись о приеме на работу.
Что касается 0,25 ставки... Студент пишет обычное заявление о приеме на работу, только указывает, что "прошу принять на работу на должность(указывается должность) на 0,25 ставки". Потом делаете приказ по кадрам, меняете штатное расписание, вводите его должность(если раньше такой должности не было),количество штатных единиц -0,25 (если он единственный, кто работает на этой должности). Если он переходит на полную ставку, то от него тоже заявление о переводе на полную ставку, потом тоже меняется штатное расписание.
Проще всего, если вы его не оформляли никак и не считали ЗП, сразу оформить его на полную ставку и не мучаться.
С ув.