Я правильно Вас понимаю?
1. Женщина ушла в отпуск до трех лет на условиях работы на неполный рабочий день. То,что она работает на полставки, указано в приказе.
2. Теперь эта женщина хочет уйти в отпуск "совсем". Вы делаете еще один приказ, где указываете, что она уходит с полставки в положенный ей отпуск. Это Ваш внутренний документ. При чем тут соцстрах? Их это не касается. Вот если бы она захотела полностью выйти из отпуска, Вы должны передать приказ о ее начале работы в управление соцзазиты, чтобы они перестали начислять ей отпускные до 3-х лет.