Покупатель берет у нас в аренду оборудование на 2 месяца. По безналу он платит нам за аренду и еще сумму залога. Как это отражается в бух. и налоговом учете. И сколько мы можем держать залоговую сумму. Как лучше выписывать счет? Отдельно за аренду и залог или можно в одном счете двумя строчками?

В налоговом не отражается (см. пп. 7.9.1 и 7.9.2 Закона о прибыли) в бух я бы отражала ДТ 311 КТ 685.
Сумму залога "держите" в течение срока указанного в договоре