В течение года не было никаких движений, позвонила инспектор и сказала, что наше свидетельство НДС аннулировано и дебет, кот. висел пару лет ( 50 000,00 грн), в дальнейшем вернуть уже будет нельзя, даже если заново регистрироваться. Это правомерно?

абсолютно...более того все что осталось на момент аннулирования св-ва на складе и в составе ОС и ранее было преобретено в НДС подлежит условной продаже, причем в последнем налоговом месяце ( месяце аннулирования св-ва). Так что я на Вашем бы месте побыстрому подавала бы уточненку с учетом условной продажи, чтобы зачти ваш кредит в счет возникающий обязательств.

Спасибо большое.