ЗУ " Про податок з доходів фізичних осіб "
п.6.3.3. Податкова соціальна пільга не може бути застосована до
інших доходів платника податку, якщо він Отримує протягом звітного
податкового місяця одночасно такі доходи, як:
е) доходи самозайнятої особи від підприємницької діяльності,
а також іншої незалежної професійної діяльності.

А если сотрудник зарегистрирован СПД, но деятельности не ведет и доход НЕ получает, может ли к нему применятся льгота?

Нет, не может