В 1-ДФ - отражать всю сумму с кодом 22 в 3-м кватрале - т к именно в 3-м кв вы начислили и выплатили.
А письмо - я писала так:
Директору Центральной Исполнительной дирекции
Фонда социального страхования по временной потере трудоспособности
В связи с выплатами по больничному листу по беременности и родам у ООО «ХХХ» на 1.07.2008 имеется задолженность ФСС в сумме 3563,18 грн, что отражено в отчете за 6 месяцев 2008. Прошу Вас компенсировать суму выплат .
Денежные средства прошу перечислить по следующим реквизитам: р/с... и т д.
Но формулировку лучше уточнить в своем фонде. советую позвонить, у каждого свои нюансы