Побачили, що перевищено ліміт 1 млн аж через місяць, всі сроки на обов'язкову реєстрацію пропустили....подали заяву вже із простроченням. Які можуть бути наслідки?

Сидеть тихо. И не показывать в заяве превышение ранее полученое. И надеяться что три года пролетят незаметно.

А Вы показали это в заяве?
тогда

183.10. Будь-яка особа, яка підлягає обов'язковій реєстрації як платник податку, і у випадках та в порядку, передбачених цією статтею, не подала до контролюючого органу реєстраційну заяву, несе відповідальність за ненарахування або несплату цього податку на рівні зареєстрованого платника без права нарахування податкового кредиту та отримання бюджетного відшкодування.

Да, показала в заявлении, так как у нас РРО и побоялась, чтобы не возникло вопросов почему расхождение