Полный персчет итогов не связан с определением первого/второго события. Полный пересчет итогов делают когда по каким-либо причинам разлетелись остатки, но проводки сидят правильно (некорректно завершили 1С, вырубили сетку, нейтрино пролетело через компьютер...) В принципе лишний полный пересчет итогов ничем не грозит.
Первое что Вам можно посоветовать - это попробовать восстановить последовательность. Если не получится, то надо проверить, чтобы были правильно выбраны заказы, не были выставлены суммы отгрузки и предварительной оплаты вручную.