Позавчера сформировал новый отчет по ЕСВ и отправил в налоговую, сегодня захожу в Медок и в упор его не вижу как не искал, пришли обе квитанции, но так как прилепить их некуда, то и их местонахождение мне пока неизвестно.

Может у кого-то подобное было уже

Сам по себе отчет никуда не пропадает. Или он был сформирован в другой программе, или было восстановление из резервной копии.

Раньше тоже так думал, а оказывается так бывает

Может Вы не там смотрите? Отчетность - отчетность ЕСВ - сентябрь 2013.

у меня такое было, когда я носилась с архивами туда-сюда. Отчёт отправила на работе, а квитанции проверяла дома, перед этим забыв восстановить архив. Тоже квитанции пришли и улетели вникуда.
Легко: идёте в почтовый ящик медка, сохраняете оттуда куда-нибудь на комп те квитанции, далее идёте в медок, импортируете по новой отчёт (желательно не формировать новый, а вставить тот, который уже вставляли), даже если удалили, то в корзине он должен быть). А потом делете ручной импорт квитанций. И оно друг дружку чудно находит.