Про НДС и валовые затраты ничего не знаю, но тут один важный момент. У вас с Мэтро Договор о предоставлении услуг?
Значит там должен быть пункт о том, что они могут передавать исполнение услуг другим лицам, но сохраняя перед вами ответственность (так обычно). А иначе - до фени их акты и требуйте их печать, мотивируя тем что Договором не предусмотрена передача обязанностей третим лицам, следовательно, для вас не имеют силы документы, заверенные не ими или ими не до конца.