У нас была такая ситуация, действия администрации в таком случае следующие:
1) объявление в средствах масс. информации об утрате печати (с указанием реквизитов и СЧИТАТЬ недействительной!...)
2) заявление в органы МВД
3) приказ по организации (если был соответствующий приказ о закреплении печати (хранение, использование) за конкретным должностным лицом) о том, что в связи с утратой печати принять меры по получению новой, наложения дисциплинарного взыскания на лицо, ответственное за утрату.