У контракті на надання послуг нерезиденту не зазначена сума ПДВ,
а тільки загальна вартість контракту - 120 од. (мали на увазі ПДВ 20 од., але не написали).
По статті 6.5 Закону про ПДВ ці послуги оподатковуються за ставкою 20 %.

Податкова при перевірці трактує 120 од. як базу для обкладання ПДВ.
Тобто, ПДВ 20% від 120 =24 ед.

Чи правомірна вимога?

Чи треба у зовнішньоекономічних контрактах (Росія) вказувати суму ПДВ?

Як на мене, така вимога є правомірною щодо укладення договорів резидентами України (наприклад, Постанова ВАСУ від 15.02.2007 р. у справі №6/278а - див. ДК № 35/2007, с.38).
Щодо контрактів у сфері ЗЕД, то дотримання вимог чинного законодавства України йде на рівні з дотриманням вимог правил ІНКОТЕРМС, міжнародних конвенцій, права країни-нерезидента (котрагента) тощо. А іноді у договорі вибирається право країни нерезидента.
Стаття 6 говорить "... Зовнішньоекономічний договір (контракт) складається відповідно до цього та інших законів України з урахуванням міжнародних договорів України. Суб'єкти зовнішньоекономічної діяльності при складанні тексту зовнішньоекономічного договору (контракту) мають право використовувати відомі міжнародні звичаї, рекомендації міжнародних органів та організацій, якщо це не заборонено прямо та у виключній формі цим та іншими законами України. ..."
Тому, така вимога не є обовязковою: 1) контрагент з нею не згоден, 2) право країни нерезидента такої обовязкової вимоги не містить тощо.
Щодо оподаткування, то п.4.1 так і каже "... згідно із законами України з питань оподаткування...".