В данном случае, путевые, к сожалению, будут оформлены исполнителем работ, поэтому сложности при списании могут возникнуть. Можно все это отразить в акте выполненных работ с приложением копий путевых (для обоснования хозяйственности). Трактуйте данную ситуацию как выполнение работ с материалов заказчика: налоговых "бесплатных" последствий быть не должно.
Но лучше, конечно, выставить компенсацию стоимости ГСМ исполнителю, а оплату зачесть в счет выполнения работ.