Реестр не делить. Просто если на момент сдачи декларации у вас свидетельство уже новое, то в декларации, приложениях к ней и реестре НН вы указываете уже новый номер свидетельства, хотя в выписанных вами НН за отчетный период указывалось старое.
Адрес в НН и декларации я указывала новый уже с момента перерегистрации у Держ.реєстратора (так мне сказали в налоговой), хотя новое свидетельство мы получили только через полгода после смены адреса. Но это было в 2011 году. Порядок перерегистрации и замены свид.НДС с тех времен менялся, но не знаю, насколько радикально...