Подскажите пожалуйста, по импортному контракту предоплата произошла по двум спецификациям, по одной висит предоплата, а другая закрылась ГТД и по ней осталось задолженность за товар, валютный контроль отслеживает оплату по каждой спецификации в отдельности или в общем по контракту?

валютный контроль осуществляется в разрезе каждой предоплаты на основании предоставленных документов. Если Вы предоставите в банк локумент, который позволит банку перенести оплаты одной спецификации на другую - всё будет ок.

Какой это документ может быть - изменение назначения платежа подписанный с двух сторон?

А Вы в платёжном поручении ссылались на спецификацию?

Да!

Смотрите свой договор - если в нём указано, что платежи осуществляются на основании спецификаций, но можно предположить, что нерез поставил товар вместо одной спецификации по другой. Поэтому, вероятно, можно получить от нерезидента письмо с пояснением, что в связи с тем-то и тем-то поставка по такой-то спецификации в полном обьёме не осуществлена, предоплату по ней нерезидент учитывает в счёт поставки такого-то товара по второй спецификации. Копию письмо (+ перево) - в банк.

Да платеж на основании спецификации, но по первой спецификации вообще у меня не был поставлен товар, хотя оплата по ней была первой и номенклатура товара разная.

віясните причину и в соответствии с ней сделайте документ.

спасибо!