Мы в отсутствие директора назначаем приказом другого работника, доплату (разницу в окладах, как правило) указываем в том же приказе. Согласно КЗоТу размер оплаты за временное и.о. должно быть установлено в кол.договоре.
Избегаю в отсутствие директора только кассу оформлять, т.к. была консультация НБУ, что РКО может подписывать только директор. Но если все-таки кассу приходилось оформлять в отсутствие дира, то подписывал РКО и.о.директора.